మిథైలేషన్-స్పెసిప్ పిసిఆర్ (ఎంఎస్‌పి) కిట్

A-1 మూస

Temp టెంప్లేట్‌లో ప్రోటీన్ మలినాలు లేదా టాక్ ఇన్హిబిటర్‌లు మొదలైనవి ఉన్నాయి ——— DNA టెంప్లేట్‌ను శుద్ధి చేయండి, ప్రోటీన్ మలినాలను తొలగించండి లేదా టెంప్లేట్ DNA ని శుద్ధి కిట్‌లతో తీయండి.

Temp టెంప్లేట్ డీనాటరేషన్ పూర్తి కాలేదు —— డీనాటరేషన్ ఉష్ణోగ్రతని తగిన విధంగా పెంచండి మరియు డీనాటరేషన్ సమయాన్ని పొడిగించండి.

Mp మూస అధోకరణం ——టెంప్లేట్‌ను మళ్లీ సిద్ధం చేయండి.

A-2 ప్రైమర్

Pri ప్రైమర్‌ల నాణ్యత తక్కువగా ఉంది —— ప్రైమర్‌ను రీ-సింథసైజ్ చేయండి.

Mer ప్రైమర్ క్షీణత —— సంరక్షణ కోసం అధిక సాంద్రత గల ప్రైమర్‌లను చిన్న వాల్యూమ్‌గా మార్చండి. బహుళ గడ్డకట్టడం మరియు కరిగించడం లేదా దీర్ఘకాలిక 4 ° C క్రియోప్రెజర్డ్‌ను నివారించండి.

Pri ప్రైమర్‌ల యొక్క సరికాని డిజైన్ (ఉదా. ప్రైమర్ పొడవు సరిపోదు, ప్రైమర్‌ల మధ్య డైమర్ ఏర్పడుతుంది, మొదలైనవి) -రీడిజైన్ ప్రైమర్‌లు (ప్రైమర్ డైమర్ మరియు సెకండరీ స్ట్రక్చర్ ఏర్పడకుండా ఉండండి)

A-3 Mg²⁺ఏకాగ్రత

G Mg²⁺ ఏకాగ్రత చాలా తక్కువ —— Mg ని సరిగ్గా పెంచండి²⁺ ఏకాగ్రత: Mg ని ఆప్టిమైజ్ చేయండి²⁺ సరైన Mg ని నిర్ణయించడానికి 0.5 mM విరామంతో 1 mM నుండి 3 mM వరకు ప్రతిచర్యల శ్రేణి ద్వారా ఏకాగ్రత²⁺ ప్రతి టెంప్లేట్ మరియు ప్రైమర్ కోసం ఏకాగ్రత.

A-4 ఎనియలింగ్ ఉష్ణోగ్రత

An అధిక ఎనియలింగ్ ఉష్ణోగ్రత ప్రైమర్ మరియు టెంప్లేట్ యొక్క బైండింగ్‌ను ప్రభావితం చేస్తుంది. —— ఎనియలింగ్ ఉష్ణోగ్రతను తగ్గించండి మరియు 2 ° C ప్రవణతతో పరిస్థితిని ఆప్టిమైజ్ చేయండి.

A-5 పొడిగింపు సమయం

Extension చిన్న పొడిగింపు సమయం —— పొడిగింపు సమయాన్ని పెంచండి.

దృగ్విషయం: ప్రతికూల నమూనాలు కూడా లక్ష్య శ్రేణి బ్యాండ్‌లను చూపుతాయి.

A-1 PCR కాలుష్యం

Target టార్గెట్ సీక్వెన్స్ లేదా యాంప్లిఫికేషన్ ప్రొడక్ట్స్ యొక్క క్రాస్ కాలుష్యం —— నెగటివ్ శాంపిల్‌లో టార్గెట్ సీక్వెన్స్ ఉన్న శాంపిల్‌ని జాగ్రత్తగా పైప్ చేయవద్దు లేదా సెంట్రిఫ్యూజ్ ట్యూబ్ నుండి బయటకు పోయకూడదు. ఇప్పటికే ఉన్న న్యూక్లియిక్ ఆమ్లాలను తొలగించడానికి కారకాలు లేదా పరికరాలు ఆటోక్లేవ్ చేయబడాలి మరియు ప్రతికూల నియంత్రణ ప్రయోగాల ద్వారా కాలుష్యం ఉనికిని గుర్తించాలి.

Ag కారక కాలుష్యం —— కారకాలను అరికట్టండి మరియు తక్కువ ఉష్ణోగ్రత వద్ద నిల్వ చేయండి.

A-2 ప్రైమ్r

G Mg²⁺ ఏకాగ్రత చాలా తక్కువ —— Mg ని సరిగ్గా పెంచండి²⁺ ఏకాగ్రత: Mg ని ఆప్టిమైజ్ చేయండి²⁺ సరైన Mg ని నిర్ణయించడానికి 0.5 mM విరామంతో 1 mM నుండి 3 mM వరకు ప్రతిచర్యల శ్రేణి ద్వారా ఏకాగ్రత²⁺ ప్రతి టెంప్లేట్ మరియు ప్రైమర్ కోసం ఏకాగ్రత.

Pri సరికాని ప్రైమర్ డిజైన్, మరియు టార్గెట్ సీక్వెన్స్‌లో టార్గెట్ కాని సీక్వెన్స్‌తో హోమోలజీ ఉంటుంది. —— రీ-డిజైన్ ప్రైమర్‌లు.

దృగ్విషయం: పిసిఆర్ యాంప్లిఫికేషన్ బ్యాండ్‌లు ఆశించిన పరిమాణంతో పెద్దవిగా లేదా చిన్నవిగా లేదా కొన్నిసార్లు నిర్దిష్ట యాంప్లిఫికేషన్ బ్యాండ్‌లు మరియు నాన్-స్పెసిఫిక్ యాంప్లిఫికేషన్ బ్యాండ్‌లు ఏర్పడతాయి.

A-1 ప్రైమర్

Pri పేలవమైన ప్రైమర్ నిర్దిష్టత

—— రీ-డిజైన్ ప్రైమర్.

Mer ప్రైమర్ ఏకాగ్రత చాలా ఎక్కువగా ఉంది —— డీనాటరేషన్ ఉష్ణోగ్రతని సరిగ్గా పెంచండి మరియు డీనాటరేషన్ సమయాన్ని పొడిగించండి.

A-2 Mg²⁺ ఏకాగ్రత

Mg²⁺ ఏకాగ్రత చాలా ఎక్కువగా ఉంది —— Mg2+ ఏకాగ్రతను సరిగ్గా తగ్గించండి: Mg ని ఆప్టిమైజ్ చేయండి²⁺ సరైన Mg ని నిర్ణయించడానికి 0.5 mM విరామంతో 1 mM నుండి 3 mM వరకు ప్రతిచర్యల శ్రేణి ద్వారా ఏకాగ్రత²⁺ ప్రతి టెంప్లేట్ మరియు ప్రైమర్ కోసం ఏకాగ్రత.

A-3 థర్మోస్టేబుల్ పాలిమరేస్

En అధిక ఎంజైమ్ మొత్తం —— 0.5 U యొక్క వ్యవధిలో ఎంజైమ్ మొత్తాన్ని తగిన విధంగా తగ్గించండి.

A-4 ఎనియలింగ్ ఉష్ణోగ్రత

Ne ఎనియలింగ్ ఉష్ణోగ్రత చాలా తక్కువగా ఉంది ——అనేలింగ్ ఉష్ణోగ్రతను సముచితంగా పెంచండి లేదా రెండు-దశల ఎనియలింగ్ పద్ధతిని అవలంబించండి

A-5 PCR చక్రాలు

P చాలా ఎక్కువ PCR చక్రాలు —— PCR చక్రాల సంఖ్యను తగ్గించండి.

A-1 ప్రైమర్——Por ప్రత్యేకత —— ప్రైమర్‌ని రీ-డిజైన్ చేయండి, ప్రైమర్ యొక్క విశిష్టతను పెంచడానికి ప్రైమర్ యొక్క స్థానం మరియు పొడవును మార్చండి; లేదా సమూహ PCR నిర్వహించండి.

A-2 మూస DNA

—— టెంప్లేట్ స్వచ్ఛమైనది కాదు —— టెంప్లేట్‌ను శుద్ధి చేయండి లేదా డిఎన్‌ఎను ప్యూరిఫికేషన్ కిట్‌లతో సేకరించండి.

A-3 Mg²⁺ ఏకాగ్రత

——Mg²⁺ ఏకాగ్రత చాలా ఎక్కువగా ఉంది —— Mg ని సరిగ్గా తగ్గించండి²⁺ ఏకాగ్రత: Mg ని ఆప్టిమైజ్ చేయండి²⁺ సరైన Mg ని నిర్ణయించడానికి 0.5 mM విరామంతో 1 mM నుండి 3 mM వరకు ప్రతిచర్యల శ్రేణి ద్వారా ఏకాగ్రత²⁺ ప్రతి టెంప్లేట్ మరియు ప్రైమర్ కోసం ఏకాగ్రత.

A-4 dNTP

—— dNTP ల సాంద్రత చాలా ఎక్కువగా ఉంది —— dNTP గాఢతను తగిన విధంగా తగ్గించండి

A-5 ఎనియలింగ్ ఉష్ణోగ్రత

—— చాలా తక్కువ ఎనియలింగ్ ఉష్ణోగ్రత ——అనేలింగ్ ఉష్ణోగ్రతను తగిన విధంగా పెంచండి

A-6 సైకిల్స్

—— చాలా చక్రాలు —— చక్రం సంఖ్యను ఆప్టిమైజ్ చేయండి

మొదటి దశ తగిన పాలిమరేస్‌ని ఎంచుకోవడం. రెగ్యులర్ టాక్ పాలిమరేస్ 3'-5 'ఎక్సోన్యూకలీస్ కార్యాచరణ లేకపోవడం వల్ల ప్రూఫ్ రీడ్ చేయబడదు, మరియు అసమతుల్యత శకలాల పొడిగింపు సామర్థ్యాన్ని బాగా తగ్గిస్తుంది. అందువల్ల, రెగ్యులర్ టాక్ పాలిమరేస్ 5 kb కంటే పెద్ద లక్ష్య శకలాలను సమర్థవంతంగా విస్తరించదు. పొడిగింపు సామర్థ్యాన్ని మెరుగుపరచడానికి మరియు పొడవైన శకలం విస్తరణ అవసరాలను తీర్చడానికి ప్రత్యేక సవరణ లేదా ఇతర అధిక విశ్వసనీయత కలిగిన పాలిమరేస్‌తో టాక్ పాలిమరేస్‌ను ఎంచుకోవాలి. అదనంగా, పొడవైన శకలాలు విస్తరణకు కూడా ప్రైమర్ డిజైన్, డీనాటరేషన్ సమయం, ఎక్స్‌టెన్షన్ టైమ్, బఫర్ పిహెచ్, మొదలైన వాటికి సర్దుబాటు అవసరం. సాధారణంగా, 18-24 బిపి ఉన్న ప్రైమర్‌లు మెరుగైన దిగుబడికి దారితీస్తాయి. టెంప్లేట్ నష్టాన్ని నివారించడానికి, 94 ° C వద్ద డీనాటరేషన్ సమయం 30 సెకనులకు లేదా ప్రతి చక్రానికి తక్కువగా తగ్గించబడాలి మరియు విస్తరణకు ముందు ఉష్ణోగ్రత 94 ° C కి పెరిగే సమయం 1 నిమిషం కన్నా తక్కువ ఉండాలి. అంతేకాకుండా, పొడిగింపు ఉష్ణోగ్రతను సుమారు 68 ° C వద్ద సెట్ చేయడం మరియు 1 kb/min రేటు ప్రకారం పొడిగింపు సమయాన్ని రూపొందించడం వలన పొడవాటి శకలాలు సమర్థవంతంగా విస్తరించడాన్ని నిర్ధారించవచ్చు.

అధిక విశ్వసనీయత కలిగిన వివిధ DNA పాలిమరేస్‌లను ఉపయోగించడం ద్వారా PCR యాంప్లిఫికేషన్ యొక్క లోపం రేటును తగ్గించవచ్చు. ఇప్పటివరకు కనుగొనబడిన అన్ని టాక్ DNA పాలిమరేస్‌లలో, Pfu ఎంజైమ్ తక్కువ లోపం రేటు మరియు అత్యధిక విశ్వసనీయతను కలిగి ఉంది (జోడించిన పట్టిక చూడండి). ఎంజైమ్ ఎంపికతో పాటు, బఫర్ కూర్పును ఆప్టిమైజ్ చేయడం, థర్మోస్టేబుల్ పాలిమరేస్ ఏకాగ్రత మరియు PCR సైకిల్ నంబర్‌ను ఆప్టిమైజ్ చేయడం వంటి ప్రతిచర్య పరిస్థితులను ఆప్టిమైజ్ చేయడం ద్వారా పరిశోధకులు PCR మ్యుటేషన్ రేటును మరింత తగ్గించవచ్చు.